新辦法對(duì)保證金的預(yù)留管理也有嚴(yán)格的規(guī)定。缺陷責(zé)任期內(nèi)，實(shí)行國(guó)庫集中支付的政府投資項(xiàng)目，保證金的管理應(yīng)按國(guó)庫集中支付的有關(guān)規(guī)定執(zhí)行。其他政府投資項(xiàng)目，保證金可以預(yù)留在財(cái)政部門或發(fā)包方。缺陷責(zé)任期內(nèi)，如發(fā)包方被撤銷，保證金隨交付使用資產(chǎn)一并移交使用單位管理，由使用單位代行發(fā)包人職責(zé)。

社會(huì)投資項(xiàng)目采用預(yù)留保證金方式的，發(fā)、承包雙方可以約定將保證金交由第三方金融機(jī)構(gòu)托管；推行銀行保函制度，承包人可以銀行保函替代預(yù)留保證金。

對(duì)于預(yù)留保證金的比例，新辦法規(guī)定，發(fā)包人應(yīng)按照合同約定方式預(yù)留保證金，保證金總預(yù)留比例不得高于工程價(jià)款結(jié)算總額的3%。合同約定由承包人以銀行保函替代預(yù)留保證金的，保函金額不得高于工程價(jià)款結(jié)算總額的3%。